Kwiaty męskie zebrane w kilkucentymetrowe kotki pojawiają się latem, utrzymują się na drzewie przez całą zimę i ostatecznie rozwijają się na wiosnę. Zimą jeszcze nie rozwinięte koloru bordowo – niebieskiego. Wiosną, po rozwinięciu żółto brązowo fioletowe. Umieszczone na zdrewniałej szypułce.

Kwiaty żeńskie dużo mniejsze od męskich jajowato – owalne, osadzone na szypułkach. Pojawiają się latem, utrzymują się na drzewie przez całą zimę i ostatecznie rozwijają się na wiosnę. Koloru bordowo – niebieskiego później zmieniają kolor na zielonkawy. Zimą wielkości kilku milimetrów.

Owoce olszy przypominają małe szyszeczki wielkości 1 - 2 cm. Początkowo ciemno zielone, później brązowieją i drewnieją. Szyszeczki zawierają małe lekko oskrzydlone orzeszki, które po zdrewnieniu i otwarciu owocostanu, rozsiewane są przez wiatr. Puste szyszeczki jeszcze długo utrzymują się na drzewie.

Pąki okryte łuskami koloru bordowo fioletowego umieszczone na krótkich trzonkach, nie owłosione.

Drewno olszy czarnej po ścięciu początkowo żółtobiałe w kontakcie z powietrzem przyjmuje barwę pomarańczową. Po wyschnięciu ponownie jaśnieje. Drewno beztwardzielowe, w przekroju widoczne są słoje.

Podobna do olszy czarna jest olsza szara. Olsza czarna posiada jednak silnie spękaną, ciemniejszą korę, jest także drzewem wyższym, jej pąki są nagie. Olsza szara występuje głównie na terenach górskich i wyżynnych w niższych terenach ustępuje miejsca olszy czarnej.